Abstract

RANGEL, Carlos R.; ALTAMIRANDA, Junior  and  AGUILAR, Jose. Semantic Mining based on graph theory and ontologies. Case Study: Cell Signaling Pathways. CLEIej [online]. 2016, vol.19, n.2, pp.7-7. ISSN 0717-5000.

En este trabajo se utilizan los conceptos de la teoría de grafos y la biología celular representado como ontologías, para llevar a cabo tareas de minería semántica en las redes de vías de comunicación celular. En concreto, el documento describe el enriquecimiento semántico de las redes vía de comunicación celular. Una red de vía de comunicación celular describe las actividades celulares básicas y sus interacciones. La principal contribución de este trabajo es en el área de la investigación de vías de comunicación celular, se propone una nueva técnica para analizar y entender cómo los cambios en estas redes pueden afectar a la transmisión y circulación de la información, que producen enfermedades como el cáncer y la diabetes. Nuestro enfoque se basa en tres conceptos de la teoría de grafos (modularidad, clustering y de centralidad) que se utilizan con frecuencia en el análisis de redes sociales. Nuestro enfoque consiste en dos fases: la primera utiliza los conceptos de la teoría de grafos para determinar los grupos celulares en la red, lo que les llamaremos comunidades; la segunda utiliza ontologías para el enriquecimiento semántico de las comunidades celulares. Las medidas utilizadas en la teoría de grafos nos permiten determinar el conjunto de células que están cerca (por ejemplo, en una enfermedad), y las principales células en cada comunidad. Analizamos nuestro enfoque en dos casos: el TGF-ß y la Enfermedad de Alzheimer.

Keywords : Bioinformática; Minería Semántica; Clustering; Enriquecimiento Semántico; TGF-ß; Enfermedad Alzheimer.

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